Oppdrettsnæringen bruker kobber som antibegroingsmiddel på nøter i matfiskanleggene. Rengjøring av nøtene skjer ofte ved høytrykksspyling, som i sin tur fører til at tusen tonn kobber slippes ut årlig, og til opphoping av kobber rett under merdene. Utslippet utgjør cirka et tonn per konsesjon.

Fylkesmannen i Hordaland er bekymret for utviklingen i flere fjorder i Hordaland etter å ha funnet en klar sammenheng mellom antall oppdrettsanlegg og hvor stor kobberforurensningen er, skriver Bergens Tidende.

Størst er bekymringen for Radfjorden. Hele den ni kilometer lange fjorden fra østsiden av Holsnøy i Meland kommune til vestsiden av Radøy risikerer å få stempelet «dårlig miljøtilstand».

Fóret til oppdrettsfisken blåses gjennom kilometervis med plastrør. Slitasje på rørene fører til at det på landsbasis slippes ut flere hundre tonn med mikroplast i sjøen. I tillegg kommer slitasje på nøtene, mye på grunn av høytrykkspyling, noe som også utgjør et betydelig utslipp av mikroplast til sjøen.

Risikorapport norsk fiskeoppdrett 2017 viser at lakselus og rømming fortsatt er de to største miljøutfordringene for havbruksnæringen. Det kommer også frem at det er en klar sammenheng mellom intensivt oppdrett i sjøen og smitte av lakselus på både vill og oppdrettet laksefisk. Anlegg med åpne merder har ingen garantier for at rømminger og luseproblematikk vil oppstå.

At lus fra oppdrettet er en trussel mot viltlevende laksefisk er godt dokumentert. Mens laksen går ut i havet benytter sjørøye og sjøørret fjordbassengene til beiting. Etter at ørreten og røya gjort seg klar til å tåle saltvann går den seg ut i fjordbassenget for å spise seg opp. Sjøørreten har sin viktigste fase i sjøen når den beiter i fjorden et par måneder før den igjen går opp i vassdraget. Både ørreten og røya kan beite opptil 30 kilometer fra utløpet til vassdraget. Noe av ørreten går ikke opp i vassdraget igjen men blir stående i sjøen hele vinteren før den igjen går opp i vassdraget for å gyte.

Hver hunnlus kan ha opptil 11 par med eggsekker med opptil 300 egg per sekk. Luselarvene i frittlevende stadium på leting etter vert kan spre seg flere mil med havstrømmene og kan spre seg i hele fjordbasseng og fra en fjord til en annen.

Rester av flubenzuroner brukt for å forhindre lusa i å skifte skall er funnet i bunnsedimentet  i dødelige doser for bunnlevende kreps og skalldyr opptil en kilometer fra oppdrettsanlegg. Lusemiddel med nervegifter ment for å lamme nervesystemet hos lus har i følge avisoppslag ført til massedød av reker og krill. Medisin for å ta knekken på lus og medisin for andre sykdommer gis i stor grad gjennom fóret. Annen villfisk som spiser av fór og fiskedrit med fórrester i får i seg den medisinen.  Om folk spiser fisk med rester av oppdrettsfór i tarmene, vil de kunne få slik medisinen i seg.

Det meste av utslipp av organisk forurensing kommer fra oppdrett. Mens landbruk og husholdninger er pålagt restriksjoner slippes driten fra oppdrett rett ut i fjorden. Organisk forurensing med utslipp av næringssalter og fosfor fører til oppblomstring av alger. Dette hindrer i neste omgang lysgjennomstrømning til dypere vannlag. Det har ikke blitt forsket på hvilke konsekvensene dette har for livet i havet og på bunnen, bortsett fra kartlegging av havbunnen i øvre lag (sprangskiftet).

Inntoget av dypvannsmaneter i norske fjorder, nå sist Tysfjorden, tyder imidlertid på at noe dramatisk er på gang, og gir god grunn til å være føre var. Jan Helge Fosså ved Havforskningsinstituttet, sier til VG at de har sett en voldsom oppblomstring av dypvannsplanet kronemanet enkelte steder. Denne ble nylig registrert i Tysfjord. Maneter har påvirket fisket enkelte steder ettersom maneten i tillegg til plankton lever av fiskelarver og småfisk.

Utvalget for fiskeri- og oppdrett i Naturvernforbundet har gjennom intervjuer med fiskere langs kysten kartlagt at fiskerne registrerer at innsigfisken kvier seg for å gå inn på fjorder med oppdrett eller uteblir totalt. For fiskerne i mange områder oppleves situasjonen som dramatisk. Rekefiskere har også måttet slutte med fiske mange steder og skylder på oppdrettet.

Oppdrettet med forankring kommer ofte i konflikt med fiskerne fordi de legger beslag på store arealer. Oppdrett i åpne merder må flyttes til avlastningslokaliteter på grunn av forurensing av havbunnen. Dette er arealkrevende og på grunn av strøm og bunnforhold legges de ofte til gode fiskeplasser. Om oppdrettet legges i faste industrilokaliteter nær land i regulerte områder i tette lukkede anlegg vil trolig arealbehovet mer enn halveres.

Luseproblemer finnes så godt som ikke i de lukkede anleggene som allerede er i gang. Sykdommer er kommet under kontroll og smitter ikke like enkelt fra anlegg til anlegg.  Næringssaltene og fosforet blir tatt vare på, og metan fra fiskedrit (fes) og fórrester kan brukes til drivstoff og oppvarming, og sist men ikke minst fjordmiljøene skånes. Fosfor brukes blant annet i kunstgjødsel og er en knapphetsvare på verdensbasis. Og sist men ikke minst så vil avfallssorteringa og handteringa utløse mange arbeidsplasser, og bidra til mindre utslipp av klimagasser.